Согласно житию, преподобный Иоанн родился в IV век в городе Кесария Палестинская.

Его мать была богатой вдовой-христианкой. Так как в тот период происходили гонения на христиан со стороны Римской власти, мать была вынуждена скрываться от преследований вместе с детьми ‒ сыном и дочерью. В раннем возрасте Иоанн, не ставя мать в известность, посещал храм, находящийся рядом, рискуя быть обнаруженным. И однажды в храме некий праведник посоветовал ему для безопасности молиться в более пустынном месте.

В 13 лет Иоанн отправился в Египетскую пустыню. Первые наставления о подвижнической жизни Иоанн получил от египтянина отшельника преподобного Фармуфия. Приняв от него благословение юный подвижник удалился  в пустыню, где обнаружил пустой колодец, кишащий змеями и скорпионами. Тогда Иоанн, помолившись, прыгнул вниз и остался невредимым. Сорок дней Иоанн молился в колодце без пищи, воды и сна, после чего гады покинули колодец.

Преодолевая различные искушения, Иоанн прожил в колодце 10 лет. Пищу ему приносил Ангел через преподобного Фармуфия. После того как он рассказал о своей жизни нашедшему его монаху, последний записал его житие. После этого Иоанн мирно почил.

Подвиг отшельничества и сегодня не потерял своей актуальности, и даже более ‒ он крайне необходим современному человеку. Мы не говорим о буквальном уединении в пустыне либо пещере ‒ для этого все меньше и меньше возможностей — а говорим об удалении во внутреннюю пустыню, которая находится внутри нас и куда нужно постоянно сбегать от мира, его шума, ритма и соблазнов.

Что значит уйти во внутреннюю пустыню? Это означает: оставить все заботы и погрузиться в молитву, внимательную и неспешную.  Подобный опыт погружения мы испытываем во время исполнения  Херувимской песни на Литургии.

В начале Литургии верных отверзаются царские врата, и протяжным напевом поется Херувимскую песнь: «Мы, таинственно изображающие херувимов, и воспевающие Животворящей Троице трисвятую песнь, отложим ныне всякое житейское попечение. Чтобы поднять Царя всех, невидимо копьеносимого чинами ангельскими, Аллилуиа, Аллилуиа, Аллилуиа»

Эти слова звучат во время перенесения Даров с жертвенника на престол.

Церковь призывает нас в этот величайший момент уподобиться херувимам и оставить все мысли и заботы о чём бы то ни было земном; ибо в это время Сын Божий торжественно сопровождаемый ангелами грядет невидимо во святой алтарь, чтобы принести Себя на трапезе в Жертву Богу Отцу за грехи человечества и предложить Свое Тело и Кровь в снедь верным. В этот сокровенный момент души молящихся наполняются самыми высокими и благоговейными чувствами. И к этому состоянию нужно себя постоянно возвращать, для этого и нужно уединяться во внутреннюю пустынь, спасительный колодец с Живой водой, оставив всё внешнее «за бортом», стремясь к внутренней тишине и созерцанию Бога. И Господь приидет. «Ибо всякий просящий получает, и ищущий находит, и стучащему отворят». (Мф.7:8) Господь ждёт, когда мы очистим наши сердца, мысли и обратим свой внутренний взор к Нему ‒ Всеблагому Богу, Животворящей Троице.

По молитвам преподобного Иоанна Пустынника да дарует нам Господь уподобится ещё на земле встрече с Ним в глубинах нашей души. Будем там хвалить Его во псалтири и гуслех, во струнах и органе, в кимвалех доброгласных, в  кимвалех восклицания. (Пс.150:3-5)