«И будете ненавидимы всеми за имя Мое» (Лк.21:17)

Будущий мученик Иоанн родился 17 января 1867 года в городе Вязьме Смоленской губернии в семье священника. В 1888 году Иван окончил Смоленскую Духовную семинарию, в 1892-ом – Московскую Духовную академию. В 1898 году Иван Васильевич становится профессором на кафедре патристики.

В 1901–1902 годах Иван Васильевич был направлен для прослушивания лекций по богословию в Берлине и Мюнхене

Вернувшись из-за границы, Иван Васильевич в 1903 году был назначен на должность редактора «Богословского вестника». В следующем году профессор Попов опубликовал работу «Религиозный идеал святого Афанасия Александрийского», а в 1908-ом – «Святой Иоанн Златоуст и его враги». В 1912 году была издана его книга «Конспект лекций по патрологии», в основу которой положены его лекции.

С 1907 года Иван Васильевич состоял приват-доцентом историко-филологического факультета Московского университета на кафедре истории Церкви. Через десять лет, в 1917 году, он защитил докторскую диссертацию «Личность и учение блаженного Августина», которая стала фундаментальным трудом на эту тему.

Ивана Васильевича характеризовали как человека «кристально честного с высокой религиозно-нравственной настроенностью», человеком больших дарований и исключительного трудолюбия. Творения святых отцов для него были всегда живым выражением жизни Церкви, свидетельством её неоскудевающей духовности в различных условиях и эпохах.

Он обладал огромной внутренней силой, которая проявилась во время неоднократных ссылок. Пребывая в исключительно трудных условиях жизни он не терял стойкости и бодрости духа, перенося лишения с мужеством мученика древних времен.

После закрытия в 1920 году Духовной академии Иван Васильевич продолжал преподавать в Московском университете на кафедре философии древних веков.

В связи с обновленческим расколом, возникшим в 1922 году, некоторыми церковными людьми стали составляться списки архиереев – канонических  и находящихся в обновленческом расколе.

Иван Васильевич попросил достать такой список своего ближайшего ученика, занимавшегося под его руководством церковной историей и патрологией, Антония Тьевара. Список этот оказался далеко не полон. И Иван Васильевич, как человек, хорошо знавший церковную жизнь, стал его дополнять. Весьма важным для такого списка было и настоящее положение епископата, то есть находятся ли архиереи на кафедре или они отправлены в тюрьмы и ссылки. С этой целью Иван Васильевич добавил к нему отдельную графу.

В декабре 1924 года Иван Васильевич был арестован и заключен в тюрьму. Составляемые им списки легли в основу дела. С этого времени закончилась его деятельность на поприще изучения церковной истории и преподавания патрологии. Он сам стал участником этой истории и на личном примере должен был показать тот образ христианина, которым прославились святые отцы и учителя Церкви.

27 апреля Ивану Васильевичу было предъявлено обвинение в «сношениях с представителями иностранных государств». Последовал приговор —  три года лагерей и отправка в Соловецкий лагерь. Туда же был отправлен и его ученик Антоний Тьевар.

В лагере находилось много знаменитых архипастырей. Профессор Попов стал автором текста обращения епископов к правительству СССР, известного как «Памятная записка соловецких епископов». В этом обращении подробно описывались идейные различия между идеологией коммунизма, принятой советской властью за государственную доктрину, и церковным мировоззрением. В этом обращении, в частности, говорилось, что Православная Церковь не может по примеру обновленцев стать слугой государства.

В ноябре 27-го Ивана Васильевича был вновь приговорён к трем годам ссылки, и отправлен под Сургут.

Первое время условия проживания были плохие и он не имел возможности заниматься учеными трудами, а собирал и сушил грибы, которые посылал своим друзьям, от которых получал посылки. Позже был переведён в лучшее место, где мог работать над сочинением о святителе Григории Нисском.

В декабре 1930 года истёк срок ссылки, но Ивану Васильевичу выехать из Сибири не разрешили. В конце декабря против него было возбуждено новое дело. И в феврале 1931 года Иван Васильевич был приговорён к лишению права проживания в ряде областей, с прикреплением к определенному месту жительства сроком на три года. Но тут же был вновь арестован и заключен в тюрьму в Сургуте по обвинению в проведении антисоветской агитации.

После опубликования в 1927 году декларации митрополита Сергия (Страгородского) гонения на Церковь не только не уменьшились, но ещё более ужесточились. У многих церковных людей осталось горькое чувство напрасности этой жертвы. Были и те, кто разделял написание подобной декларации и считал, что нужно идти на любые унижения ради физического сохранения церковной организации. Но для Ивана Васильевича такая позиция была неприемлема и он считал что она наносит моральный ущерб самому существу дела, который не может быть возмещён никакими внешними приобретениями.

Вернувшись из ссылки в 1934 году, Иван Васильевич поселился в Люберцах под Москвой и восстановил связи с оставшимися в живых учениками и знакомыми. Иван Васильевич также встречался с архиереями, с которыми обсуждали церковные вопросы. В феврале 1935 года по доносу Иван Васильевич был арестован.

Последовали допросы и приговор: пять лет ссылки в Красноярский край.

В ссылке у него было много книг, присланных ему друзьями, так что в какой-то мере он смог продолжить свои научные занятия. Но началась новая волна гонений, когда всех ссыльных и находящихся в лагерях стали вновь арестовывать по сфабрикованным делам. Большинство из них расстреляли. В октябре 37-го был арестован и заключен в тюрьму в Енисейске и Иван Васильевич Попов.

В декабре 1937 года следствие было закончено. В енисейской тюрьме Иван Васильевич встретил день своего рождения, ему исполнился семьдесят один год. 5 февраля 1938 года «тройка» НКВД вынесла приговор: расстрелять.

Иван Васильевич был расстрелян 8 февраля 1938 года в 9 часов вечера, в канун празднования памяти вселенского учителя и святителя Иоанна Златоустого, имя которого он, по-видимому, и носил.

Один из очевидцев жизни мученика писал: «В светском звании Иван Васильевич был истинным монахом, безбрачным и девственником, смиренным тружеником, воздержником в пище и питии, благоговейным молитвенником к Богу. Сему все знавшие его – свидетели. Имея дар благодати Божией – слово знания, он трудами удесятерил талант, послужил им Церкви с великой пользой и прославил Её своей мученической кончиной».

Святой мученик Иоанн Попов причислен к лику святых новомучеников и исповедников 30 июля 2003 года.